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Nesta fase da competição, os jogos serão disputados em uma única partida, com o time de posição inferior no Ranking da CBF sendo o mandante. A grande novidade para esta edição é a mudança nas regras de desempate: agora, os clubes visitantes não têm mais a vantagem do empate no tempo regulamentar. Em caso de empate ao fim dos 90 minutos, a classificação para a próxima fase será decidida por meio de cobranças de pênaltis.Ao todo, 92 clubes participam da Copa do Brasil 2025. Desses, 80 entram em campo na primeira fase, enquanto 12 equipes começam a disputar a competição a partir da terceira fase. Bahia, Barcelona de Ilhéus, Jequié e Vitória são os quatro representantes baianos na competição.